Il padre è trombettista e grande appassionato di jazz, mentre la madre è maestra. Immerso nel jazz fin dalla più tenera età, a 5 anni si trasferisce con la famiglia a Pianezza, vicino a Torino. All'età di 9 anni inizia a suonare la tromba e, a 13 anni, si iscrive al Conservatorio, dove studia con Carlo Arfinengo (tromba dell'Orchestra Sinfonica di Torino), il quale lo seguirà per prepararlo all'esame di ammissione al Conservatorio, che frequenterà per sette anni. All'età di 25 anni entra a far parte di una formazione, nota come Lingomania, con Roberto Gatto alla batteria, Furio Di Castri al contrabbasso, Maurizio Giammarco al sax, Umberto Fiorentino alla chitarra, che si aggiudicherà per due volte consecutive il premio per il miglior disco e miglior gruppo dell'anno. Più o meno allo stesso periodo risale la collaborazione con Steve Grossman, con il quale si esibisce regolarmente in club e festival internazionali in quintetto con Cedar Walton, Billy Higgins e David Williams alla sezione ritmica, ma anche con Clifford Jordan e Jimmy Cobb. Altra determinante formazione per il suo percorso musicale è l'originale trio con Manu Roche alla batteria e a Furio Di Castri al contrabbasso, poi trasformatosi in quartetto con l'arrivo di Joe Lovano. Nel 1984 viene eletto "miglior talento" dalla rivista Musica Jazz Nei primi anni novanta assiste al Festival di Calvi, dove si esibirà l'anno successivo con Antonio Faraò, Manu Roche e Paolo Dalla Porta. Nel 1994 Laurent Cugny, sceglie Flavio Boltro e il suo amico Stefano Di Battista come trombettista e sassofonista dell'ONJ, poco prima di lasciare la quale Flavio entrerà nel sestetto di Michel Petrucciani. Al 1997 risale la formazione del quintetto con Stefano Di Battista, Eric Legnini al piano, Benjamin Henocq alla batteria e di Rosario Bonaccorso al basso. Nel 2012 è uscito il suo ultimo disco, dove Flavio Boltro dedica il primo pezzo al suo amico e direttore del festival jazz Italo Leali con il brano MR Italo. Oltre al concerto di Boltro nella giornata del 4 luglio si terranno alle ore 19 al Boss Centro Allende l'ultima giornata delle semifinali del Tiberio Nicola Award e alle 24 il concerto dell'Outside Quartet con Jam Session a seguire.
