Il sequestro era stato disposto, nel gennaio 2016, dal Sostituto Procuratore Dott. Luca Monteverde, in esito a complesse indagini, ed era stato confermato dal G.I.P, ritenendo che le suddette attività avessero cagionato un deterioramento e una compromissione significativa delle acque del golfo della città.
L'attività di dragaggio prevedeva l'utilizzo di panne ancorate al fondo ma, in realtà, tale ancoraggio non sarebbe mai stato posto in opera, determinando un'importante fuoriuscita di fanghi. Nel 2015 si era registrato, inoltre, in concomitanza con i medesimi lavori eseguiti presso il Molo Garibaldi, una sospetta moria di mitili dovuta con buona probabilità all'effetto inquinante.
Il Tribunale del riesame aveva annullato il sequestro preventivo del Molo Fornelli alla fine di gennaio 2016, ritenendo esistenti le violazioni alle prescrizioni progettuali, ma insufficienti le prove del reato di inquinamento ambientale (di cui all'art. 452 bis). Nonostante il dissequestro i lavori di dragaggio non furono, comunque, più ripresi.
Il dissequestro era stato impugnato dal Procuratore della Repubblica e la Corte di Cassazione ha annullato l'ordinanza di dissequestro riconoscendo la sussistenza dell'inquinamento ambientale. Lo scorso 14 febbraio, pertanto, il Sostituto Procuratore Monteverde ha disposto nuovamente il sequestro.