I cinque membri incaricati dal Direttore Generale (il Direttore Amministrativo e quello Scientifico, due dirigenti genovesi e un avvocato) hanno acquisito documenti interni e/o pubblici, e sentito personale dell'Agenzia, tecnici stimati ed esperti del settore.
Ribadita la differenza fra monitoraggio (valutazione nel medio e lungo periodo di un insieme di dati statisticamente significativo ottenuto nel corso di tutta l'attività di campionamento predefinita spazio-temporalmente da un Piano) e controllo (verificare la corretta esecuzione di una determinata attività in un determinato momento, rispetto a leggi, norme e prescrizioni autorizzatorie), la Commissione ha verificato come 18 delle 21 campagne di monitoraggio effettuate siano avvenute in concomitanza con il dragaggio, con la registrazione automatica di ogni singola calata manuale della sonda multiparametrica, e come i controlli siano stati svolti senza preavviso, con segnalazioni che hanno portato anche al fermo dei lavori.
In assenza degli elementi indiziari utilizzati dalla Cassazione - dalla cui sentenza 46170/16 è scaturita l'esigenza di una commissione interna - l'operato dell'attività di Arpal svolta nell'occasione risulta essere esente da rilievi.
Condivide l'iniziativa l'Assessore regionale all'ambiente Giacomo Giampedrone: «Arpal è un ente pubblico tecnico, che non persegue altri interessi differenti dal rispetto delle norme. Dare il via ad una commissione interna, seppur a fronte di elementi che non coinvolgono direttamente personale di Agenzia, è la dimostrazione di una volontà di trasparenza in cui credo profondamente, e ritengo che bene abbia fatto il Direttore Generale Pepe ad istituirla. Arpal svolge spesso lavori tecnici molto complicati, con ruoli specifici che richiedono una grande specializzazione. Il loro operato al di sopra delle parti è una garanzia per tutta la cittadinanza».